原核鏈特異性轉錄組測序
技術簡介
原核鏈特異性轉錄組測序是對原核 Total RNA 去 rRNA 后進行文庫制備，采用高通量測序進行信息分析，可以確定轉錄本的邊界以及一條轉錄本是來自正義鏈還是反義鏈，能更精確地統(tǒng)計轉錄本的數量，同時可以挖掘 non-coding RNA 的信息，這為研究基因的結構和表達調控功能提供了一個重要的手段，主要應用于功能基因的篩選、分子標記和藥物靶點的篩選鑒定、藥理與毒理學研究、生物代謝調控研究、疾病分型研究、siRNA 調控研究。
技術路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 完整性 |
| ≥35 ng/μL | ≥60 μL | 2 μg | 23S/16S≥1.0； 5S 峰正常 |
技術參數
| 原核鏈特異性轉錄組測序 | 測序策略 | 數據量 | 周期 |
HiSeq/NovaSeq PE150 | 1G/2G clean data | 45 個自然日 |
案例分析
轉錄組測序和萜類化合物檢測結果揭示了桉樹的害蟲防御機制[1]
研究背景
Xanthomonas campestris 能夠感染十字花科的植物，引起黑腐病、葉枯病以及葉斑病等。
研究目的
通過基因組測序和轉錄組測序研究其致病分子機理。
研究結果
增加菌株基因組的測序深度，比較基因組顯示在種水平上存在一個核心的 ORFeome，這核心的 type III effectome 僅僅限于三種type III的效應因子 (XopP、XopF1和XopAL1) 。在 Xanthomonas 中，效應蛋白由III型分泌系統(tǒng)注入植物細胞，有助于共同致??；為了進一步注釋基因組進行了鏈特異性 RNA 測序，這種方法還允許新的基因和非編碼 RNA 的轉錄實驗的定義。
圖1. 野油菜黃單胞菌屬III型蛋白的多樣性分析
參考文獻
[1]. Roux, B. et al.. Genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris species challenge the concept of core type III effectome. BMC Genomics 16, 975, doi:10.1186/s12864-015-2190-0 (2015).
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