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目標(biāo)區(qū)域捕獲
技術(shù)簡(jiǎn)介
Target-seq是指通過(guò)多重PCR方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行富集，結(jié)合高通量測(cè)序和生物信息方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行序列測(cè)定和分析的一種技術(shù)。
檢測(cè)原理
送樣要求
濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | DNA 片段 |
≥40 ng/μL | ≥20 μL | ≥0.8 μg | DNA 無(wú)降解 |
注：區(qū)域＞10K，每增加10K，體積增加10uL。
技術(shù)參數(shù)
目標(biāo)區(qū)域測(cè)序 （≤200K） | 測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | 檢出率 |
HiSeq/NovaSeq PE150 | 1000X | 65個(gè)自然日 | 95% |
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
（1）信息量大：可以完整覆蓋整個(gè)基因組序列，獲得高頻SNP的分型數(shù)據(jù)，以及發(fā)現(xiàn)個(gè)體特有的變異。
（2）針對(duì)性強(qiáng)：可針對(duì)幾Kb-200 Kb的基因連續(xù)區(qū)間，外顯子靶標(biāo)以及客戶(hù)指定位點(diǎn)進(jìn)行一次性捕獲。
（3）成本較低：對(duì)數(shù)百個(gè)樣品進(jìn)行混樣建庫(kù)，大大降低了研究成本。
（4）效率極高：比起使用Sanger法的候選基因測(cè)序方法，基于二代測(cè)序技術(shù)的目標(biāo)區(qū)域測(cè)序更加快速、精確、高效。
（5）適用范圍廣：Target-seq可針對(duì)有參物種DNA樣本進(jìn)行檢測(cè)，有效替代芯片檢測(cè)。
案例分析
基于目標(biāo)區(qū)域驗(yàn)證檢測(cè)HLA-DRB1多態(tài)性與皮膚肌炎的遺傳聯(lián)系[1]
研究背景
人白細(xì)胞抗原(HLA)的遺傳變異在皮膚肌炎（DM）發(fā)病機(jī)制中起著重要作用，本研究的目的是調(diào)查中國(guó)HLA II類(lèi)DM患者與DM的關(guān)系。
研究方法
在中日友好醫(yī)院隨機(jī)抽取224例糖尿病患者和300例健康對(duì)照者。采用測(cè)序技術(shù)對(duì)HLA-DRB1等位基因進(jìn)行高分辨率分型，采用PCR序列特異性引物(SSP)測(cè)定HLA-DQA1和HLA-DQB1等位基因。
研究結(jié)果
研究結(jié)果表明，HLA-DRB1*09:01和HLA-DRB1*12:01等位基因可能導(dǎo)致中國(guó)漢族人群成人DM的易感性。此外，具有抗黑色素瘤鑒別相關(guān)基因5 (anti-MDA5)的DM患者HLA-DRB1*12:01的頻率明顯高于不具有anti-MDA5的患者。，因此推斷HLA-DRB1*12:01基因型與DM患者anti-MDA5抗體存在顯著相關(guān)。
參考文獻(xiàn)
Jinming Lin, Yongbiao Zhang, Qinglin Peng, et al. Genetic Association of HLA-DRB1 Multiple Polymorphisms with Dermatomyositis in Chinese Population[J]. HLA. 2017, 90(6):354-359
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